Первое богослужение в храме Черниговских чудотворцев состоялось 27 февраля 1992 года. На этот день Православной Церковью установлена память перенесения честных мощей князя Михаила и болярина его Феодора во град Москву.
Тогда, настоятелем храма священником Сергием Торопцевым в сослужении диакона Николая Поповича (храм Успения Пресвятой Богородицы в Гончарах) был отслужен водосвятный молебен, на котором в качестве почётных гостей присутствовали благочинные церковных округов града Москвы митрофорные протоиереи Борис Гузняков и Николай Акинфиев, а так же ключарь Патриаршего Богоявленского кафедрального собора в Елохове митрофорный протоиерей Николай Воробьёв.
Именно с этого дня в храме стали совершаться регулярные богослужения, тогда это были молебны и панихиды.
Из всего духовенства служившего и молившегося в храме на первом молебне до сегодняшнего дня дожил только диакон Николай Попович, который ещё не так давно служил (а может быть и сейчас служит) в храме Нерукотворного Образа Господня на Сетуни, что рядом с Кунцевским кладбищем нашей столицы.